Fakultetsnämnden är huvudansvarig för utbildningen på forskarnivå vid Handelshögskolan.
Fakultetsnämnden fattar beslut i principiella frågor som rör forskarutbildningen. Beslut om operativa och rutinmässiga frågor har fakultetsnämnden delegerat till dekanus. Dekanus har till sitt förfogande en forsknings- och forskarutbildningsberedning (FFUB) som bereder de flesta ärenden som rör forskarutbildningen. Prodekanus är ordförande i FFUB och är också Handelshögskolans representant i universitetets forskarutbildningsberedning.
Vissa beslut har delegerats till institutionsstyrelserna, bland annat beslut om antagning till utbildning på forskarnivån.
Doktoranderna är representerade som ledamöter i både fakultetsnämnd och forsknings- och forskarutbildningsberedning.